明朝的中央司法机关组织名称与唐宋期基本相同，但职权管辖有所不同。它设立刑部、察院、理寺，合称“三法司”，刑部受理方诉案件，审核方重案件审理中央百官案件。理寺不掌管审判，专门刑部审理的案件进行复核。察院是中央监察机关，负责监督刑部理寺的司法活动。“三法司”重案件实行联合审判，叫“三司审”。“三司”审的判决必须报请皇帝批准。
清代的中央司法机关与明代的基本相同。中央的最高审级是“九卿审”。九卿是六部尚书加察院左御史、通政史理寺卿组。每年审理死刑案件的“秋审典”，九卿参加。
秋审是清代由朝廷官员定期复审外省死刑案件的一审制度，因在每年秋季举行名。明朝便已有，它是在每年秋霜降举行的。清朝沿袭。清律规定，凡严重危害封建统治的重犯罪，应立即处决的，叫做“斩立决”或“绞立决”，危害较或有疑者，暂判“斩监候”或“绞监候”，延至秋由九卿审重审决定。每年秋审前，各省督抚必须将有关案件先行审核或审讯，并提处理意见，五月中旬前分别送给九卿，供秋审参阅。八月份，九卿等官员安门外金水……（内容加载失败！）
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