噶尔丹在征讨喀尔喀胜便引军返回科布整修，此他软禁在亦力巴（注：伊犁）的两南疆回部苏丹策动叛乱，但在噶尔丹回师便被准格尔人所平定。不叛乱虽平定了，占卜的喇嘛却说噶尔丹的两侄子、前任僧格汗子索诺木阿拉布坦策妄阿拉布坦是叛乱的背主谋者。
由蒙古人的继承制度，两实力不俗的侄子早就怀忌惮的噶尔丹便顺水推舟的听信了谗言，设计处死了索诺木阿拉布坦。知叔父已经容不己的策妄阿拉布坦率领部属五千余人连夜逃离了科布，西逃吐鲁番招兵买马，回师占领了准格尔本部，与噶尔丹隔着阿尔泰山形了峙。
鉴失了准格尔本部及中亚区众的财赋兵源，噶尔丹的处境变困顿，了重整旗鼓，噶尔丹便决定喀尔喀蒙古区再次动进攻，从漠北各部劫掠的牛羊人口维持其部属的继续生存。
康熙二十八年、永历四十二年，西历主诞一六八九年三月，二次东征的噶尔丹率部抵达色楞格河游区。了从的喀尔喀蒙古人手中获必的物资，噶尔丹求台吉臣服准格尔帝国，但就与同侵略目光投向此的沙俄生了冲突。
此清廷了贯彻先北南的决策……（内容加载失败！）
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