2001年，楚树龙从中国现代国际关系研究所调入清华公共管理院，创立了战略研究所，并担任所长。战略研究所主研究国战略、展战略、外战略、安全战略；研究范围是国、中国、欧洲亚洲。
楚树龙担任战略研究所所长，召两次重战略研讨。2001年10月召的21世纪国战略研讨，邀请了外办及外部有关人员，讨论各国外、世界形势的走向，版了论文集《世界、国中国——新世纪国际关系与国际战略探讨》；2003年3月又在海南三亚主持首届“WTO两岸关系”论坛，邀请台湾专研究两岸关系今的走向。
“WTO两岸关系”论坛定期在两岸举行。楚树龙与台湾界的关系比较密切，曾次台湾访问，接触岛内各阶层人士，研究各信息，探寻两岸走向统一的途径。
在楚树龙，无论是李登辉是陈水扁，坚持推行“台独”立场是十分危险的，是不的。
他记年前在国与台湾萧琴锋的情景。
20世纪90年代中期，楚树龙纽约席一有关台湾问题的非官方议。议由国外全国委员主办，席者有陆、台湾国者。台湾陈水扁的顾问，民进党“国际部”主任萧琴席了议。萧琴在……（内容加载失败！）
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