清太医院初设在北京正阳门内东江米巷，今东民巷西口路北附近。太医院门悬挂“太医院”匾。门前左“土祠”，右“听差处”。太医院有堂五间，悬挂康熙帝御赐名医黄运的诗文：“神圣岂再，调方最近情。存诚慎药，仁术尽平生。”医生讲求“诚慎仁术”四字。堂左侧南厅，是御医办公厅堂，右侧北厅。先医庙，供奉伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙帝御书“永济群生”匾。先医庙有铜人像，庙外有药王庙，庙连接堂的是二堂、三堂。
光绪二十七年（1901年）《辛丑条约》，东民巷划外国驻华使领馆区。翌年，太医院迁新建衙署，在今安门东街113号院，堂东西3间，进深3间，现基本保存。东院药房。今前院有28户居民，院五中分校使。太医院在宫内驷院北，设有待诊、休息的处所（旧称“他坦”“他坦”，又“塌潭”，满语音译，汉意是“住屋、住所”。），岁月流失，现已无存。
明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医院保健局四功。《明史·职官志·太医院》记载：院使（院长）一人，正五品；院判（副院长）二人，正六品；其属，御医四人（增十八人），正八品。生药库、惠民药局，各……（内容加载失败！）
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