2003年9月，牟其中被改判有期徒刑18年。
在湖北省洪山监狱服刑的他一直有放弃己喊冤，国内法律界牟案的诈骗认定有很分歧。知名的法律评论、中南财经法院教授乔新生曾在2001年1月的《中国律师》表《牟其中辩护》一文，2004年，《南风窗》刊文《牟其中案迷雾重重难定论》。
据称，三次入狱的牟其中每的运动量惊人。他坚持每早绕着篮球场跑几十圈，午休就回爬楼梯几十趟，高度相一座纽约帝国厦。此外，即便冬他坚持洗冷水澡、做编的体操，每周供应的两次他却坚持不吃，此培养体魄，“有机狱间补回”。
牟其中在狱中十分关注中国企业界的动态。2003年，香港教授郎咸平批评“国退民进”政策，他写信批驳郎咸平论点，认“郎咸平公平幌子，却挟带着反国企产权改革‘原罪’论的货”。2004年，唐万新的“德隆系”崩塌，牟其中专门写信评论此，他引“武侯祠”的一副楹联：“攻，则反侧消，古知兵非战；不审势，即宽严皆误，治蜀深思。”2005年3月，他给《中国企业》写信，称“我更愿意《中国企业》组织极具争议的我，展公的调……（内容加载失败！）
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