在清朝统一蒙古前，蒙古西藏的关系已经相密切了，是由从公元16世纪期始喇嘛教已流行今青海区，所在蒙古的阿勒坦汗(公元1507—1582年)占领青海，喇嘛教就传蒙古人中间。阿勒坦汗迎宗喀巴的三传弟子索南嘉措(锁南坚错)，尊达赖喇嘛(三世)，又将他迎至归化传教。从此，喇嘛教格鲁派(黄教)就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死，阿勒坦汗的曾孙被认定转世灵童，立四世达赖。四世达赖派了一位喇嘛蒙古主持教务，蒙古活佛。1642年(明崇祯十五年，清崇德七年)，蒙古硕特部首领固始汗率军进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了藏的红教。1645年(清顺治二年)，固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞四世班禅(前三世追认)，驻藏扎什伦布寺。至此，在宗教，黄教统一了蒙古西藏；在政治，蒙古统一了青藏区。
由漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系始清朝入关前。固始汗入藏，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年(公元1647年)，清朝派官员达西藏，册封班禅金刚师。顺治九年，达赖北京朝见清世祖，次年受清朝册封“西善在佛所领释教普通瓦赤喇怛喇达赖……（内容加载失败！）
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