元末农民义推翻了元朝的统治，朱元璋(公元1328—1398年)在此基础重建了汉族的封建政权，1368年在南京建立明朝。明祖(公元1402—1424年在位)迁北京。1644年，李领导的农民义军攻占北京，明朝灭亡。
明朝建立，明太祖朱元璋仿照宋元的枢密院制度，在中央设督府最高军机构。洪武十三年(公元1380年)，朱元璋在废丞相制、升格六部的同，又督府分左、右、前、、中五军督府，每府设左右督督同知各一人，督佥若干人。五军督府的主职责是分领在京各卫所在外各指挥使司(简称司)卫军。各督府互不相属，与兵部联系。五军督府与兵部分掌兵权。“兵部有兵令，无统兵权；五军有统兵权，无兵令。”(《春明梦余录·兵部》)两机构互相牵制，便皇帝操纵控制。明朝中期，兵部尚书或侍郎有直接掌握京营训练，五军督府渐虚设。
明朝方军长官，最初是指挥使。有征战，则由中央派督府官或公、侯、伯总兵官，毕任。因边境，原临派遣的总兵官遂留镇守，定设官员。内的军逐渐设总兵官镇守，指挥使总兵……（内容加载失败！）
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