1919年11月20日，刘师培因患肺结核，医药罔效，病逝北京，年仅三十六岁。临逝前，他派人黄侃叫至病榻前，“十分吃力在枕头箱子找一部手抄本递黄（侃）的手”，并嘱咐：“是我毕生研究的音韵秘本，今送给你临别纪念，望你继承，它再传代。”
刘师培与妻子何震曾育有一女，不幸夭折，膝荒凉，身极萧条。陈独秀在丧礼致悼词，总结刘师培一生功，在场师生无不唏嘘。陈独秀最引康有的诗句悼念刘师培：“曲径危桥历遍，依旧一吟身”。
据说，刘师培的遗稿存放在黄侃处；又有说法称，刘的遗稿由何震给了刘文典。刘师培世，其主著由南桂馨、钱玄同等人搜集整理，编《刘申叔先生遗书》。
《刘申叔先生遗书》中并有收录刘师培给黄侃的遗稿。1928年，黄侃承认己藏有刘稿，但1934年底便“茫无端绪”了。有研究者认，此与黄侃藏书遭窃有关。“一·二八”变生，黄侃搬迁，仓促中装了八卡车书，运采石矶暂存，不料被居民盗，废纸卖了。有者猜测，刘师培的遗稿一同被窃。倘若此，又是术界一憾。
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