在流感的最初几年，刘易斯继续执掌着宾夕法尼亚的菲普斯研究所。
但是，刘易斯并不快乐。他是那些仍相信流感嗜血杆菌引了疾病并在流感继续研究的人一。颇具讽刺意味的是，他最初并不接受流感杆菌病因，怀疑是一滤病毒。许他固执的主原因就是他的经验。他不但总现杆菌，研制一似乎有效的疫苗。确实，海军给几千人使的疫苗就是按他的方法制备的，结果证明该疫苗无效，但批疫苗不是他亲手制造的。一批他亲制备检验的疫苗——在流感的高峰期，不是在由病原体变弱令许疫苗貌似有效的那阶段——经有力证据证明是有效的。 接受疫苗的60人中有3人感染了肺炎，并且无一死亡；照组有10人感染肺炎，3人死亡。
些结果蒙蔽了他。从前他并不是总正确的科判断——有哪研究者——但次是他一次关重的科失误。许标志着他从此走了一条坡路。
一始什征兆。他已在国际享有声誉。德国的科期刊《肺结核杂志》（）翻译转载了他的工情况。1917年他被邀在一年一度的哈维讲座关肺结核的演讲，是一项极的荣……（内容加载失败！）
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