就在海战正酣，蒋介石铁定了与日军决一雌雄际，南京国民政府始设法动运输力量，国珍藏的宝器、工业设施、战略物资科研设备，经长江、陇海铁路各条公路悄悄运往内，保存实力，长期抗战。与此同，根据国民政府的命令，中央研究院各研究所与平津两始向长沙与西安一带迁徙。
决策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆扎物资仪器，打点行装，准备程。
早在淞沪战爆前，中央研究院史语所考古组已根据战局演变，在富有远见责任的李济指挥，始历次掘的器物各器材打包装箱，准备内迁。据史语所《记》民国二十六年七月条：“本所随本院西迁，先选装最珍贵中西文图书、杂志及善本书共六十箱，首批运往南昌农院，其余一千三百三十三箱分批运长沙。但部份殷墟土的人骨、兽骨及陶片等，限运输工具，暂留原址。”八月条：“本院组织长沙工站筹备委员，本所迁入长沙圣经院，所长傅斯年仍留南京，派梁思永筹备常务委员。”
此次行动，按照史语所研究人员石璋的说法：“因南京离海很近，战吃紧，所先行装箱。”在具体业中，首先选择重的文物装箱，“像骨头就……（内容加载失败！）
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