联邦调查局的职责主是应犯罪执法、国内反恐国内反间谍领域，但该局在海外仍是不忽视的存在，其行动偶尔进入外情报反情报领域。
联邦调查局的内部结构极受了2001年9月11日件的影响。罗伯特·米勒（Robert Mueller）局长在2002年5月20日给全体员工的信件中确认了联邦调查局的十重点。前三重点是“保护国不受恐怖袭击”、“保护国不被外国的情报活动间谍活动所损害”“保护国远离网络攻击高科技犯罪”。米勒在他的备忘录中宣称，该局的反恐目标是预防，意味着“减少传统的执法活动，更投入情报分析中”。
恐怖袭击的调查现，联邦调查局总部有跟进由明尼阿波利斯凤凰城分遣队的揭露“9·11”谋的预警信息。其实在袭击生前，长期一直存在着该组织效率的担，因联邦调查局的文化深深根植执法迅速逮捕罪犯的行动，不擅长间谍恐怖分子的耐监控。紧随“9·11”，不光有呼声重组联邦调查局的国安全工，有人建议建立一与英国安全局、澳利亚安全情报组织、加拿国安全情报局类似的全新反恐反情报机构。
“国遭受恐怖……（内容加载失败！）
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