关辩论的奏疏是十一月二十日呈的，但深宫中的万历皇帝久久未批复，就在臣那些奏疏又留中，腊月十六，诏旨，万历皇帝令将南京教案中的王丰肃、谢务禄两位传教士押往澳门，不许再入明传教，教徒中聚众闹的首犯钟鸣礼、张寀二人充军落，封锁正阳门教堂，其余教士教众则不予追究；统历屡舛误，礼部与钦监尽快着手修历，暂不引西洋历法；翰林院设译书局，翻译西洋历算、理、医药、农田、水利书籍，广眼界，正缺失——
皇帝有专门的谕旨给方从哲、吴南两位阁臣，说阁臣点检题奏、票拟批答、平允庶政，乃是皇帝代劳分忧，必睦共济，国重，呈的奏章必须经由首辅签署，其余阁臣有异议附拟。
万历皇帝不允许方从哲辞职，但吴南是他重的，内阁现在就有两臣，若赶走了吴南，吏部少不了又推阁臣，争不是肯定的，与万历皇帝“无治”相悖，万历皇帝维持现状。
方从哲言，皇帝重申首辅的职权存了他颜面，但吴南有因此被夺权，依旧首辅的票拟持异议，明代内阁与前朝的宰相制度差别很，内阁有决策权……（内容加载失败！）
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