由于搭乘的船只突然遭到「深海栖舰」袭击，青年已有一死的觉悟。然而，突然出现的九九式舰上轰炸机解除了危机，青年所看到的，是在海上拉弓引箭的美丽少女──瑞凤的身影。之后，青年因为某些特殊原因，被拔擢为镇守府的提督，那里有所谓的「舰娘」驻扎，据说是一群能够击毁深海栖舰的少女。青年在舰上轰炸机引擎声的引导之下，与瑞凤再次相会…… 「舰Colle」战场爱情故事，揭幕！