身高一百五十七公分，比同年纪的少女还要矮一公分的事实，对深作零士而言是相当迫切的问题。现在他又有了另一个迫切的问题，那就是他目击同校美少女未但马裕佳梨杀人。她是「暗杀社」的成员，专门暗中抹杀残害人类社会的某种存在，而零士爱上了这位少女……。加入暗杀社的零士，将一脚踏入枪战厮杀的世界，揭开一场恋爱与斗争的青春物语！