伽利略比任何其他的人更有資格稱為近代科學的奠基人。其與主教會名聞遐邇的衝突是他哲學的中件。這是因為伽利略是論斷最早的人一：人類有望理解世界是怎樣運行的，且我們還通過觀察現實世界來做這一點。
伽利略很早就相信哥白尼理論（即行星繞太陽公轉），但有當他發現了證據來支持這一學說時，才公開表示支持。他義利文寫有關哥白尼理論的文章（沒有普通的學院式拉丁文），並且他的觀點很快就廣泛學界外的支持。這惹怒了亞士德派的教授們，他們聯合來反對他，並極力說服主教會禁止哥白尼主義。
伽利略為此擔，他趕羅馬向主教權威當面申訴。他爭辯，《聖經》並未試圖告訴我們任何關於科學理論的東西，通常是假定，當《聖經》常識發生矛盾時，就為比喻。但是教會害怕這醜聞傷害它對新教徒的鬥爭，所採取了鎮壓的手段。一六一六年，它宣佈哥白尼主義是「虛偽的、錯誤的」，並命令伽利略不准再「保衛或堅持」這一學說。伽利略勉強接受了。
一六二三年，伽利略的一位長期朋友為教皇。伽利略立即試圖為一六一六年的判決翻案。他失敗了，但他設法獲了准許，在兩個……（内容加载失败！）
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