祖军体系，在晋朝，即便主力一度被改编中军，但除非负责宿卫的部分，否则听祖逖一人命，尚书省是根本插不进手的。但既华晋禅代，祖逖又臣从了裴该，不再沿旧例，裴该保证其军的完整给了承诺，祖士稚不不做一定程度的让步。
首先是按照朝廷的军体系重新编组，增加排、部、旅三层级，排将吏名单须报枢密省备案；其次队各级设置司马，一方面核实功，另方面进行政治宣传，些司马数由祖军行任命，但有将近三分一是洛阳委派的；其三，军中律令，改从关中军旧制——啦，其实差别并不是太。
至其四，收复失土，各郡县乃至亭的守吏，祖逖有署任权，但须报尚书省备案，尚书省亦因应情势，加更替。
原本在晋，裴军在西，祖军在东，各练各兵，各打各仗，名守望相助，其实相互间的联系并不紧密。既归华朝，就不再了，华廷徐徐往祖军中塞人、掺沙子，期逐步加掌控。祖逖说，你别太份，别影响我的羯战，虽感不满，有捏着鼻子认了。
正因此，前线将兵，或者祖逖本部，华廷不便不敢伸手，……（内容加载失败！）
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